В соответствии с п.3 ст. 212 Налогового кодекса установлено, что международный договор применяется при условии представления нерезидентом налоговому агенту документа, подтверждающего резидентство, соответствующего требованиям пунктов 4 и 5 статьи 219 Налогового кодекса и не позднее одной из следующих дат, которая наступит первой:

1) 31 декабря календарного года, в котором произошла выплата дохода нерезиденту или невыплаченные доходы нерезидента отнесены на вычеты;

2) начала проведения плановой налоговой проверки квартала, в котором выплачен доход нерезиденту, оканчивающегося в календарном году, в котором проводится такая налоговая проверка по вопросу исполнения налогового обязательства по подоходному налогу, удерживаемому у источника выплаты;

3) не позднее пяти рабочих дней до завершения внеплановой налоговой проверки квартала, в котором выплачен доход нерезиденту, оканчивающегося в календарном году, в котором проводится такая налоговая проверка по вопросу исполнения налогового обязательства по подоходному налогу, удерживаемому у источника выплаты. Дата завершения внеплановой налоговой проверки определяется в соответствии с предписанием.

Согласно пункту 4 статьи 219 Налогового кодекса нерезидент признается резидентом государства, с которой Республикой Казахстан заключен международный договор, в течении периода времени, указанного в документе подтверждающем резиденство  нерезидента.

Таким образом, в рассматриваемом случае положения международного договора не могут быть применены, т.к. доходы за выполнение работ были начислены и выплачены в мае месяце, а представленный сертификат подтверждает его резиденство только за период с 24.09.2015 года по 30.09.2015 года.