В соответствии с пунктом 8 Правил возврата превышения налога НДС утвержденный постановлением Правительства Республики Казахстан от 30 декабря2011 года № 1707 в целях соблюдения сроков возврата превышения НДС налоговый орган в течение пятнадцати рабочих дней со дня начала проведения налоговой проверки определяет перечень поставщиков, подлежащих встречной проверке, и направляет запросы о проведении встречных проверок таких поставщиков, а также запросы по подтверждению достоверности сумм НДС, предъявленных к возврату, на основании налоговой отчетности, представляемой поставщиками – крупными налогоплательщиками, подлежащими мониторингу.  Налоговый орган, получивший запрос о проведении встречной проверки,  проводит такую проверку в срок не более десяти рабочих дней со дня получения запроса. 

В случае если поставщиком проверяемого налогоплательщика до завершения тематической проверки достоверности предъявленных к возврату сумм превышения НДС устранены нарушения, выявленные  при проведении встречной проверки по ранее направленному запросу,  то налоговый орган на основании информации налогового органа, на регистрационном учете которого состоит поставщик, в рамках проводимой тематической проверки повторно направляет запрос о проведении встречной проверки.

Таким образом, налоговый орган, проводивший тематический проверки должны повторно направить запрос о проведении встречной проверки.